肽测序是基于质谱数据推断肽段氨基酸序列的技术，分为两类方法：其一是基于数据库的序列比对，适用于已有参考蛋白质组的物种；其二是脱新测序（de novo sequencing），不依赖任何数据库，直接解析MS/MS谱图中的离子碎片，适用于未注释蛋白或复杂样本。相较于仅依赖mRNA或蛋白定量信息的方法，肽测序能直接提供序列层面的证据，尤其在识别剪接异构体、突变位点及翻译后修饰等方面，展现出独特的研究价值。这些分子特征往往是高价值生物标志物的核心构成。

一、助力标志物开发的三个关键维度

1、精确识别差异性肽段

肽测序能够从复杂背景中精确筛选出在疾病状态下特异表达或发生修饰变化的肽段，涵盖非经典剪接形式、点突变肽以及信号肽缺失等结构变体。这类差异往往无法通过传统的蛋白定量策略识别，却在疾病表型形成中具有决定性作用。在实际研究中，常规蛋白定量只能定位到“蛋白层”，而真正参与调控的往往是“肽段级”的局部结构变化。肽测序的引入，使得标志物开发迈向更具功能相关性和结构精准性的方向。

2、支持未知蛋白和非模式物种的研究

对于外泌体、微生物组、人类肿瘤样本等复杂体系，常存在大量数据库未收录的蛋白质。此时，依赖数据库的分析方法将难以覆盖全部生物信息。而de novo肽测序技术可在无数据库参考的条件下直接构建肽段序列，为研究新型抗原、嵌合蛋白、融合肽段等提供技术支持。这对于免疫治疗靶点筛选、新型疫苗研发或物种特异标志物的开发尤其关键。随着脱新测序算法的优化，其可靠性和覆盖率已大幅提升，可作为数据库搜索的有力补充，拓展标志物研究边界。

3、连接筛选与验证的关键桥梁

候选标志物的提出只是起点，更关键的是在真实样本中进行序列验证与表达水平确认。肽测序结合靶向质谱（如PRM、MRM）可实现目标肽段的高灵敏度定量检测，确保其在多样本间具有稳定表达与可重复性，满足临床转化的基本条件。此外，肽测序还能用于确认所选靶点是否为天然表达状态，避免因错误注释或翻译后修饰遗漏而导致的验证失败。这对于抗体设计、合成肽药物开发具有重要意义，是保障转化效率的核心环节。

二、技术进步加速肽测序价值释放

随着质谱设备性能的持续提升，肽测序的通量、灵敏度与精度正在同步提升。当前常用的HCD和EThcD碎裂模式已实现对复杂肽段的深度解析，结合AI算法优化的谱图匹配与序列预测，使得de novo测序结果更加稳定可靠。同时，前处理策略的多样化（如磷酸化肽富集、免疫亲和捕获、样本级分级）和靶向质谱方法的融合，显著提升了对低丰度标志物的检测能力。这种从发现到验证的一体化流程，正在构建标志物研究的标准化路径。

三、典型应用场景中的实际意义

肽测序在多类疾病与生理状态研究中均有广泛应用价值。例如，在肿瘤领域，可用于发现肿瘤特异性融合蛋白或突变肽段；在神经系统疾病中，肽测序有助于识别脑脊液中特有的剪接异构体；在感染和免疫研究中，能够挖掘病原相关抗原肽，为疫苗和诊断靶点提供依据。此外，在药物开发环节，肽测序还能监测关键靶蛋白的修饰状态变化，揭示作用机制并评估药效，提升候选化合物的开发效率。

在精准医学加速落地的当下，生物标志物不再局限于传统“高表达”的筛选逻辑，而需要具备功能性、特异性和可验证性。肽测序通过提供序列层面和修饰层面的高分辨率信息，正在成为构建高质量标志物体系的重要工具。未来，随着算法持续优化与质谱设备升级，肽测序将进一步拓宽其在临床前研究、个体化诊疗、靶点验证等领域的应用广度。百泰派克生物科技依托高分辨率质谱系统与成熟的蛋白质组学数据分析管线，能够为肽测序提供定制化解决方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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